自动调谐开始后，首先会对质谱检测器电压做调整，所有的分析模式均采用相同的电压；在灵敏度调整过程中，会优化针对各质荷比的透镜电压，以及针对各分析模式的Qarray、多级杆和入口透镜的电压；分辨率调整，主要是将色谱峰形的半峰宽调整到合适的宽度；接下来的质量校准，会根据调谐液标准样品中的离子校准质荷比；最后会对调谐结果为的色谱峰形和质谱图做测量。在正负离子都进行完整个过程后，调谐就会自动结束。
调谐液经过离子源离子化后，通过DL管，Qarray、多级杆和入口透镜，再经过Q1、碰撞池、Q3，到达检测器。在这样的一个过程中的某个或者多个单元污染都可能会导致标准物质无法正常进入检测器，最后导致调谐失败。由于流动相，样品前处理的干净程度等因素的影响，随着使用时间的增加，仪器污染是没办法避免的，建议每年至少对仪器做一次维护保养。
② 自动调谐结束后，需要保存调谐文件。先选择【文件】菜单中的【调谐文件另存为】，然后保存调谐文件，再选择是否将该调谐文件设置为默认调谐文件。若选择【是】，会将保存的调谐文件设置为默认调谐文件，下次打开【调谐】窗口时将自动新的默认调谐文件。若选择【否】，保存的调谐文件将不会设置为默认调谐文件，而在打开【调谐】窗口时将显示现有默认调谐文件。如果想调用其它的调谐文件，要选择【文件】菜单中的【打开调谐文件】，然后找到相应的调谐文件，选中打开，接下来选择【文件】菜单中的【保存调谐文件】，在弹出的窗口中选择【是】，将其设为默认调谐文件即可。
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